El CIPEI es una asociación científica regida por unos estatutos aprobados por resolución rectoral de la UNAN-León y que cuenta con tres órganos de dirección y administración (Junta de Miembros, Consejo Directivo y Secretaría General).

A fin de promover la enseñanza, formación, capacitación e investigación en materia de integración regional desde un punto de vista interdisciplinario, el CIPEI, de acuerdo a sus órganos de dirección, puede organizar o colaborar en la organización de congresos, seminarios, cursos o programas de postgrado, así como la realización en equipo de trabajos de investigación, siempre y cuando se cuente con el apoyo financiero necesario. Son miembros del CIPEI diversos especialistas y expertos en integración regional (juristas, politólogos, economistas, filósofos e historiadores) de Centroamérica, el Caribe y España.