Desde el año 1997 se ha iniciado un profundo proceso de Reforma Universitaria, orientado a la modernización del que hacer de la Institución de cara al cumplimiento de su:

"Contribuir a la transformación y desarrollo de la sociedad con vocación centroamericanista, a través de la formación integral de las personas, la generación y transferencia de conocimientos y la difusión de nuestros valores"

" La UNAN-León se caracterizará por el pleno liderazgo en todos sus ámbitos de trabajo en la región centroamericana, por promover el progreso científico, la conservación y difusión de las mejores tradiciones culturales y humanísta, y por ser una institución orientada a contribuir al desarrollo humano sostenible del país y la región"

Nuestro trabajo se basa en los Principios de Autonomía, Libertad, Humanismo, Científico, Universidad y Diversidad, Identidad Nacional, Integralidad, Vocación Centroamericanista, Pertinencia, Vocación de Servicio y Excelencia.