La carrera de farmacia se inició como enseñanza de farmacia y comenzó dentro de la Facultad de Medicina, como una cátedra independiente que fue ganando relevancia con el tiempo. Y fue hasta el año 1918 donde se procedió a organizar la Escuela de Farmacia que dependía de la Facultad de Medicina y Cirugía. Esta Escuela de Farmacia ofrecía el título de Doctor en Farmacia, con un plan de estudio de cuatro años, como forma de culminación de estudios se tenía que realizar Exámenes Privados y Públicos. Sus primeros graduados fueron en 1922.

Desde 1922 la Escuela funcionó de forma regular hasta que la Universidad de León fue elevada a rango Nacional por Decreto Ejecutivo No. 446 del 27 de marzo de 1947. Integrándose en esta oportunidad, la Primera Junta Directiva de la Facultad de Farmacia y Química con autonomía académica que incorporaba un representante estudiantil y adoptó un Plan de Estudios de cinco años.

En 1958, la escuela de farmacia se elevó formalmente a Facultad de Ciencias Químicas, equiparada al rango del resto de facultades de la universidad. En 1961, se definieron los primeros departamentos dentro de la facultad: el Departamento de Farmacia Galénica y el Departamento de Análisis de Drogas, Medicamentos y Alimentos.

La carrera de Ingeniería de alimentos, inició en la UNAN-LEÓN desde 1983, siendo actualmente con 42 años al servicio de la formación de capacidades en la industrialización de alimentos.

La UNAN-León  conformó un equipo de docentes de Química y farmacia para diseñar un programa de formación en el campo de los alimentos, la cual comenzó como Licenciatura en Ciencia de los Alimentos en 1985,  con el llamado Plan – 83 siendo rediseñada en 1987 como Licenciatura en Tecnología de Alimentos para enfocarse en el desarrollo tecnológico de la transformación de materias primas nacionales y de esta manera disminuir las importaciones.

En el año 1998 empieza a funcionar como Ingeniería de los Alimentos, surgiendo la primera promoción de Ingenieros en Alimentos en el año 2002.

A partir del 2023 la facultad paso a llamarse Área de conocimiento de Ciencias Químicas