La enseñanza de la Medicina en Nicaragua, se inicia en 1798, en el Colegio Seminario de San Ramón, en León, bajo la influencia de las concepciones escolásticas que predominaban en la metrópolis colonial y que consideraban a la enfermedad como castigo a las impurezas del alma. Sin embargo, con el tiempo, surgen concepciones más novedosas que dan origen a una medicina de carácter más científico. Se desarrolla la clínica, y con ello la Facultad de Medicina, la cual adopta el sistema de la universidad napoleónica, empezando a otorgar el título de Doctor en Medicina, en 1893.

En la década de los 50, se conquista la autonomía universitaria y se inicia un modelo desarrollista y liberal de la educación superior. En el campo de la medicina se introduce el modelo flexneriano el cual modifica el esquema napoleónico, dando paso a la norteamericanización de la enseñanza: aparecen los departamentos, se desarrollan las ciencias básicas y la formación del médico se centra en el ámbito hospitalario.