El departamento de investigación es una dependencia de UNAN-León que gestiona el desarrollo de esta función integral por medio de unidades y centros de investigación, planificando, coordinando y sistematizando actividades con la comunidad universitaria, enfocadas en la generación, divulgación y transferencia de conocimiento científico que apoyen al desarrollo tecnológico, la docencia, la innovación, la producción, el desarrollo social y humano, además de contribuir a la formación de científicos, calificados e innovadores, en correspondencia con las orientaciones del Gobierno de Unidad y Reconciliación Nacional.